Oficialmente fundado em 1958, na realidade o Clube 2004-Santos nasceu praticamente junto com a Refinaria Presidente Bernardes, em 1954, vindo paulatinamente a formar a excelente estrutura dos dias atuais.
A idéia da fundação do que é o Clube 2004-Santos data do inicio de 1954. Os funcionários da Refinaria Presidente Bernardes, em sua maioria, moravam em Santos e trabalhavam em Cubatão. Como os colegas só se viam no serviço, surgiu a idéia de se fundar uma associação para que os amigos também se reunissem nas horas de lazer. Nesse espírito foi fundado uma associação chamada Repetro, com sede em uma casa alugada na rua Mato Grosso, em frente ao Colégio Canadá.
O clube, fundado por uma turma de engenheiros ainda não tinha muita receita, e a despesa resumia-se só à utilização da sede, que proporcionava a jogos de salão como domino, baralho, etc. Desde aquela época era comum os clubes também terem barraca de praia, para que seu associados pudessem usufruir de maior conforto ao freqüentar as praias da cidade de Santos. Com o clubes dos funcionários da RPBC não foi diferente, e foi conseguida uma barraca que , no seu inicio , teve dificuldades para sua manutenção, como transporte e montagem, por exemplo.
Nesse momento, os responsáveis pelo clube solicitaram à superintendência da refinaria que ajudasse a agremiação a sanar suas dificuldades. De pronto, a RPBC ofereceu o transporte e o pagamento do funcionário que montava a barraca.
Até o final de 1957, o clube foi funcionando regularmente, mas sem um crescimento significativo, o que levou sua diretoria a convocar uma assembléia para a discussão do que deveria ser feito para angariar mais sócios. Nesta assembléia realizada em 17 de outubro de 1957 com o propósito de fundação de um clube cuja finalidade principal deveria-ser a de congregar todos os funcionários da Petróleo Brasileiro S/A residentes na baixada Santista. A proposta foi aprovada pelos presentes, e logo a seguir foi eleita a 1º diretoria.
Em primeiro de novembro de 1957, foi realizada nova assembléia para discutir e aprovar os estatuto do Clube, apresentado pela diretoria eleita, sendo o mesmo aprovado , com a seguinte alteração. O clube passaria a ser chamado Clube 2004, para homenagear a lei que criou a Petrobras, e a data de fundação passaria a ser 16/4/1958 data comemorativa de aniversário a Refinaria Presidente Bernardes-Cubatão.
Foi eleita também a primeira diretoria, com o primeiro Presidente, Márcio Leite Cesarie, que era engenheiro. O Clube 2004-santos, a partir desta data, foi criado oficialmente, e é reconhecido hoje com primeiro Clube dos Empregados da Petrobras criado no Brasil.
A superintendência da refinara, através do coronel Diegues, dava apoio para montar a barraca de praia e o clube foi crescendo. Mas o mandato de Márcio Leite terminou em 1959, e logo em seguida foi eleito Julio Havelange, irmão do ex-presidente da FIFA João Havelange. Julio Havelange achava que a sede do clube deveria ser em Cubatão, já que a refinaria era lá. Transferiu-se, então, a sede da rua da Mato Grosso, em Santos , para Cubatão. Ocorria, no entanto, que 95% dos funcionários da RPBC eram de Santos ou São Vicente. Assim, ao final do mandato de Havelange, a chapa vencedora tinha como principal proposta levar a sede do Clube 2004-Santos de volta para Santos.
Essa nova diretoria conseguiu, também, uma importante ajuda da refinaria: o superintendente da época comprometeu-se a ajudar o clube com 100 cruzeiros mensais, o que de fato aconteceu.
A nova diretoria, através de seu presidente Gilson Ferreira Medeiros, alugou uma sede no bairro do Gonzaga, próximo à praia , e o clube foi angariando mais sócios. Os 100 cruzeiros mensais oferecidos pela refinaria davam para pagar o aluguel da casa, todas as contas e ainda sobrava dinheiro. Com o desenvolvimento do clube, foram surgindo sócios que começaram a disputar modalidades esportivas em torneios da cidade. A primeira modalidade que o clube passou a disputar foi o tamboréu, seguido do voleibol de praia.
O próximo presidente a dirigir o Clube foi Carlos Pinto, seguido de Roberto Jatobá, e Antônio Clodoaldo Abelha Pupo. Abelha Pupo tinha a firme convicção de que o clube deveria ter uma sede própria, e começou uma campanha para adquirir esta sede. Sua primeira idéia foi a de vender títulos de sócio remido, para angariar fundos. A campanha foi um sucesso, e conseguindo o dinheiro suficiente foi comprada uma casa na Avenida Conselheiro Nébias, onde hoje está a faculdade de Arquitetura da Universidade Católica de Santos.
Após funcionar durante dois anos neste endereço, o Clube 2004-Santos transferiu-se para a Ponta da Praia, onde está a sede atual. Hoje, o Clube 2004-Santos é um patrimônio dos associados e também da Petrobras, que ajuda em importantes obras como a construção do Conjunto Aquático, por exemplo.
Na sua galeria de presidentes, o Clube 2004-Santos conta ainda com os nomes de Airy de Moraes, Célio Garcia, Nilson Waldyr de Oliveira, Cláudio Magalhães, Bernadinho dos Santos Filho e o atual presidente, Ariovaldo Moacir Neves, que com suas diretorias proporcionaram e continuam proporcionando um contínuo crescimento da estrutura do clube.
Em agosto de 2003 o conselho deliberativo aprovou o novo estatuto social, passando o clube ao estatuto Unificado dos Clubes da Petrobras e dessa forma foi alterada a razão Social passando a ser denominado CEPE-2004-Santos.
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